Joomla! utilise les même classes css pour créer ses menu, aussi il n'est pas possible par défaut d'avoir plusieurs éléments de menu de couleurs différentes.

MAIS on peut contourner facilement ce problème ! 

Vous pouvez utiliser un module de menu (par exemple SW menu) qui permet de mettre des images de fond dans vos éléments de menu. Il ne vous reste plus qu'à dépublier le module du menu (que vous voulez remplacer) et publier celui de SW menu à la place.